“梅塞施密特麻烦”并没有让中国空军与海军停止轰炸行动。
六月二十日，“雷霆之怒”进入到第二阶段。
虽然巨大的作战损失，让中国空军与海军承受了很大的压力，但是持续的高强度轰炸也给敌人造成了沉重打击。在“雷霆之怒”的第一阶段轰炸行动中，中**队至少摧毁了八成的标定目标。
进入第二阶段，轰炸重点由军事目标转变为战略目标。
因为危地马拉是一个极为落后的国家，所以根本没有多少值得轰炸的战略目标。在第二阶段轰炸中，有两个目标最值得关注，而且是两座桥梁，即位于上韦拉帕斯省省会科万城附近的科万大桥，以及位于萨卡帕的莫塔瓜河大桥。
在危地马拉境内，这两座大桥有着举足轻重的价值。
科万大桥连接着危地马拉城与北面的佩腾省，好几条公路在科万会聚，然后经科万大桥通往危地马拉城。也就是说，来自佩腾省的军队与物资，有八成得经过科万大桥才能到达危地马拉城。
莫塔瓜河大桥则是危地马拉在大西洋方向上唯一的港口，即巴里奥斯港通往危地马拉城的必经之地。虽然从巴里奥斯港到危地马拉城的铁路还在修建之中，但是莫塔瓜河大桥是一座铁路与公路两用桥。也就是说，从巴里奥斯港到危地马拉城的主要公路也得经过这座钢筋混凝土大桥。
炸掉这两座大桥，就能瘫痪莫塔瓜河以南的所有政府军。
这次，空军动用了“重拳”。
六月二十日，中国空军对莫塔瓜河大桥发起了第一次轰炸，出动五十多架H-60型重型轰炸机，向大桥投下了一千多吨炸弹。
轰炸规模相当惊人，效果却差强人意。
根据侦察机拍下的照片，没有一枚炸弹直接命中桥墩，而命中桥体的两枚炸弹，并没有对大桥造成毁灭性损伤，只是让大桥暂时无法通车。仅仅三天之后，危地马拉政府军就修复了被炸毁的桥体。
六月二十四日，空军再次出动轰炸机群，对莫塔瓜河大桥进行了第二次轰炸。
这次的轰炸结果与上一次没有太大的区别，没有一枚炸弹击中桥墩，而被炸毁的桥体很快就被修复了。
在这次轰炸行动中，空军损失了第一架轰炸机。
那架H-60在投弹的时候，被一枚大口径高射炮炮弹击中了左翼中段，吊挂在左翼外侧的两台发动机被炸毁。轰炸机勉强飞行十多公里后，左翼自离翼尖三分之一处断裂，轰炸机随即失控坠毁，七名机组成员全部阵亡。
对中国空军来说，这是一个极为沉重的损失。
要知道，H-60是中国空军最先进的轰炸机，最多能携带三十二吨炸弹对三千五百公里外的目标进行轰炸，或者是携带八枚核炸弹飞行七千公里执行战略任务，如果携带六枚巡航导弹的话，还能打击八千五百公里外的目标。
在中国空军中，H-60主要执行战略威慑任务。
当时，中国空军的四百八十架H-60中，有三百六十架用于执行战略威胁任务，随时都有六十架H-60携带核炸弹、或者是配备了核弹头的巡航导弹在空中巡逻，以便在接到命令之后立即执行轰炸任务。
更重要的是，自大战之后，中国空军从未在战争中损失过战略轰炸机。
这个损失，让中国空军不得不把轰炸机的投弹高度增加到六千米，以避开威胁极大的高射炮。
问题是，提高投弹高度，等于降低了本来就很差的投弹精度。
六月三十日与七月四日，中国空军又出动轰炸机群对莫塔瓜河大桥进行了轰炸，结果依然差强人意。
在七月四日的轰炸中，由有一架H-60被高射炮击中。虽然没有坠毁，但是这架轰炸机因为损伤极为严重，不得不做报废处理。
要命的是，莫塔瓜河大桥依然在使用，来自巴里奥斯港的车队每天都经过这座大桥，把物资源源不断的送往危地马拉城，而且其中就有不少由德意志第二帝国直接提供给危地马拉政府军的作战物资。
到此，中国空军认识到，用轰炸机去轰炸大桥，等于是高射炮打蚊子。
七月七日，中国空军第一次用战术攻击机轰炸了莫塔瓜河大桥，海军的舰载航空兵也参与了这次轰炸行动。
当天上午，空军出动了三个中队的三十架攻击机，海军则出动了二十架战斗机。
与轰炸机不同，攻击机是从超低空进入，并且在超低空投弹，以求借此提高投弹的命中精度。