厂、办公设施等，将教室、宿舍的箱柜洗劫一空。日本兵还蛮横地强令学生们当天全部离校，不准再上课。
9月22日上午11时，日军将冯庸大学校长冯庸逮捕监禁。关东军司令本庄繁威迫被关押的冯庸出任东北领袖，组织满洲独立，并正式提出两项条件:一是永远脱离国民政府，宣布独立国;二是承认日本在满蒙一切已得权利。本庄繁还承诺，在军力上由日方充分帮助，财政由满铁株式会社接济，让冯庸替代张学良主持东北政局。冯庸大义凛然，断然拒绝:“因此若杀我，我亦死得光明磊落“，“死耳，誓不为卖国贼“。日本人认为冯庸还有利用价值，所以暂时未对冯庸下毒手。冯庸通过来探望他的老师给学校传递了一张纸条:“冯大师生速到北平。“学生们开始准备前往北平。
很多人开始为解救冯庸积极地活动。最后在冯庸大学日籍教授冈部平太帮助下，10月3日日军释放了冯庸。几经磨难，28日，冯庸回到北平主持流亡中的冯庸大学校务，筹备冯庸大学复校工作。
1932年“一·二八“上海淞沪抗战打响，流亡中的冯庸大学抗日义勇军，由冯庸率领到上海参加阵地宣传和救护工作。1933年初，日军进攻热河省，冯庸又带领学生赴承德参加抗日。
1933年6月，冯家私产基本耗尽，冯庸大学再也没有恢复学校的力量了。经张学良同意，冯庸将学校并入东北大学。
此事在《国立东北大学廿四周年纪念册》有如下记载:“1933年6月，冯庸大学结束，并入本校，所占原陆军大学校址，由军委会拨本校校舍。“冯庸大学绝大部分学生各奔东西。他们有的报考了燕京大学、清华大学，少数学生转到浙江大学和河南大学;还有的回东北加入中共地下组织继续抗日，有的青年投考军校，报效国家。
冯庸大学从建立到解散，共有三批毕业生。作为东北的第一所私立大学的冯庸大学，历时六年宣告结束。抗战期间，他先后任昆山、长兴、襄樊等地警备司令、戒严司令，战区军法执行监等职。1949年，他随国民党迁至台湾，先后担任过台北市长、国有资产局局长、高雄港口司令、空军等要职。不久，因为台湾空军误击美国外交官私人飞机一事，他受牵连退伍，改任台湾电力公司顾问一直到他1981年去世为止。