那可是重中之重呀！冯庸特地参照外国诸多军校和自己脑海里的那些军校来建立的。福建陆军学院座落在福州西郊，山脉汇集的地方，全院分3个系组织教学，即指挥系、参谋系、政工系，指挥系下设步兵、骑兵、炮兵、工兵、后勤、通讯、宪兵七专业，其实还有一门战车专业，但是现在各国的坦克都很简陋，步兵战车就更不用说了，都不见人影，所以冯庸打算等自己的坦克和步兵战车研制出来之后再开设不迟。
参谋系下设人事、情报、作训、后勤、公共事务五专业，当然这里的后勤参谋跟指挥系的后勤主官是不一样的性质，政工系下设军政、民政、党建三专业，这个党建是冯庸特地加上去的，因为他知道自己军队在思想信仰这方面还是不够的，本质上同军阀部队没有区别，都是吃粮拿饷，所以认为自己需要给军队以及麾下政府建立一个党，这样更好聚集人心。