途中一路平安无事，船队在28日凌晨三点多抵达了淡水河河口水域。高桥南下令留下六艘“探险级”战船在这里，以封锁淡水河出海口，防止敌人外逃。其他船只则是驶入河口逆流而上，驶往淡水河上游。
高桥南的作战计划是打算先堵住两头，断绝城内人出逃或是外界派来援兵的可能，然后才是陆军的攻城作战。为此他专门在西班牙人修建的码头上游约三四里的地方找到了另一个适合登陆的地点，大致就是另一个时空中淡水捷运站的所在处。
趁着天色尚暗，船队迅速地通过了圣多明哥城以南的河面，处在昏睡中的城堡并没有人察觉到有这样一支庞大的船队驶入了淡水河。抵达目的地之后，一小队士兵划着小艇先行靠岸，然后在岸边点亮火把，做出停靠标记，引导船队靠岸。
并不是所有船只都会在这里停靠，运载了一个连及作战物资的两艘运兵船在一艘“探索级”战船的护送下，继续向上游航行。这支小队的目的地是淡水河支流鸡笼河的上游，其目的是阻断鸡笼淡水两地之间的唯一陆上通道。不管是淡水据点的西班牙人外逃，还是鸡笼派来援兵，驻扎在这里的海汉民团都将会凭借险要的地理优势将其击退。
回到下游的登陆点，人员登陆的速度非常快，但整个登陆进程不可避免地被装备和物资的卸船环节给拖慢了。特别是沉重的48磅大炮要从船上卸到岸上，就必须得几十号人协同作业才能完成，这里的河岸上不但没有任何的吊装设备，河岸土质也是因为长年冲刷沉积而显得非常松软，这也大大提升了辎重卸船和之后运输的难度。
参战人员的登陆时间不过十几分钟，但将船上的各种物资吊装上岸，却足足花了两个多小时才基本完成，而此时天色已经开始逐渐亮堂起来。高桥南看得心中着急，但又无法指责自己的属下不争气，毕竟这是客观环境所造成的阻碍，并非战士们的过错。